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Calcul haute perfomance avec le cluster HPC Baobab

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Qu'est-ce que Baobab ?

baobab.jpg

Baobab est le serveur de calcul haute performance (HPC) de l'Université de Genève, à la disposition de tous les chercheurs de l'Université de Genève. Acquis fin 2012 grâce à un financement exceptionnel du Rectorat de l'Université, il a été mis en service début 2013.

Disposant actuellement d'approximativement 2400 coeurs Intel Sandy Bridge ainsi que de 10 TB de RAM, cela fait de lui un serveur extrêmement puissant, particulièrement adapté aux calculs massivement parallèles, notamment de par l'interconnexion InfiniBand de ses noeuds de calcul. D'une taille initiale d'environ 1000 coeurs, il est régulièrement agrandi par l'ajout de noeuds de calcul "privés".

Administré par la DiSTIC, Baobab est hébergé à Uni Dufour.
Pour toute question, n'hésitez pas à envoyer un e-mail à hpc@unige.ch

Spécifications

Baobab est composé de :

  • Un nœud maître, destiné à l'administration et à la sauvegarde du cluster ;
  • 74 nœuds de calcul, composés chacun de :
    • 2 processeurs Sandy Bridge Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2660 @ 2.20GHz ayant chacun 8 cœurs
    • 64 GB de mémoire RAM,
    soit un total de 1184 cœurs.
  • 78 noeuds de calcul, composés chacun de :
    • 2 processeurs X5650  @ 2.67GHz ayant chacun 6 coeurs
    • 48 GB de mémoire RAM,
    soit un total de 936 coeurs.
  • 1 noeud de calcul, composé de :
    • 4 processeurs Sandy Bridge Intel(R) Xexon(R) CPU E5-4640 @ 2.40GHz ayant chacun 8 coeurs
    • 512GB de mémoire RAM,
    soit un total de 32 coeurs.
  • 3 nœuds de stockage équipés d'un système de fichiers FraunhoferFS (BeeGFS) de 60 TB (extension décembre 2013) ;
  • Une connexion rapide InfiniBand 4xQDR (40Gbit/s) entre les différents nœuds du cluster.

Intéressé par un accès à Baobab ?

Un accès à Baobab peut être accordé aux chercheurs de l'UNIGE qui en font la demande par e-mail à hpc@unige.ch avec les informations suivantes :

  • Votre adresse e-mail officielle UNIGE
  • La faculté à laquelle vous êtes rattaché
  • L'adresse de messagerie du responsable de votre groupe de recherche
  • Une description sommaire de l'utilisation que vous souhaitez en faire comprenant au minimum: domaine de recherche, logiciel(s) utilisé(s), durée de calcul attendue.

Financer une extension

Les groupes de recherche intéressés peuvent contribuer à l'achat de noeuds de calculs pour Baobab. Devenir propriétaire d'un noeud de calcul vous procure les avantages suivants:

  • Un temps d'attente réduit :
    En tant que propriétaire d'un noeud, votre temps d'attente pour soumettre un job sur votre noeud est de maximum 12h. Vous pouvez ensuite en faire une utilisation continue.
  • Plus de flexibilité dans l'utilisation de Baobab :
    Vous pouvez utiliser Baobab pour des jobs durant jusqu'à 7 jours, voire jusqu'à 14 jours sur demande (au lieu de 4 jours lorsque vous n'êtes pas propriétaire).
  • Une gestion professionnelle :
    Le noeud est géré de façon professionnelle et mis à jour régulièrement.
  • Une contribution à la communauté et une utilisation optimale du noeud :
    La communauté bénéficie également de cet ajout : lorsque vous n'utilisez pas votre noeud, il est à disposition des autres chercheurs, pour des jobs d'une durée maximale de 12h.

Il faut compter environ 5'000 CHF TTC pour l'achat d'un noeud de 16 coeurs Intel, 64GB RAM, interface InfiniBand, disque 240GB SSD.

Documentation technique

Une documentation pour les utilisateurs est disponible sur le cluster baobab.

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